Sigurnosno-obavještajno postupanje SOA-e u zemlji i inozemstvu prije svega je usmjereno na prikupljanje i analizu podataka o pojedincima, skupinama ili organizacijama koje sudjeluju ili su povezane s:
- obavještajnim radom usmjerenim protiv Republike Hrvatske
- terorističkim aktivnostima
- aktivnostima usmjerenim na rušenje ustroja državne vlasti
- ekstremističkim odnosno nasilnim aktivnostima koje mogu ugroziti demokratski poredak ili temeljna ljudska prava i slobode
- aktivnostima usmjerenim na ugrožavanjem sigurnosti najviših državnih dužnosnika te štićenih objekata i prostora
- organiziranim kriminalom koji ugrožava nacionalnu sigurnost i gospodarski sustav
- počinjenim ratnim zločinima nad državljanima RH
- drugim aktivnostima usmjerenim na ugrožavanje nacionalne sigurnosti
SOA također:
- prikuplja podatke od značaja za hrvatski gospodarski sustav
- obavlja sigurnosne provjere
- sudjeluje u protuobavještajnoj zaštiti štićenih osoba, objekata i prostora u zemlji i inozemstvu i prikuplja podatke od značaja za njihovu sigurnost
- sudjeluje u organiziranju i provođenju informacijske sigurnosti u državnim tijelima te skrbi o zaštiti klasificiranih podataka
- skrbi za sigurnost vlastitih djelatnika, objekata i predmeta te bivših djelatnika agencije ako su ugroze posljedica njihovog rada u SOA-i
U skladu s međunarodnim obvezama RH SOA surađuje sa stranim sigurnosnim, obavještajnim i drugim odgovarajućim službama razmjenom podataka, opreme ili zajedničkim provođenjem poslova iz svog djelokruga.