U skladu s praksom zemalja razvijene demokracije i hrvatske sigurnosno-obavještajne agencije podliježu nadzoru njihovog rada pa tako i SOA, međutim hrvatski sustav nadzora ide i korak dalje. Naime, pored parlamentarnog i stručnog nadzora u Republici Hrvatskoj, kao jednoj od rijetkih svjetskih zemalja djeluje i građanski nadzor rada.
- parlamentarna
- stručna
- građanska
Ako se uzme u obzir i uključenost Vrhovnog suda koji odobrava mjere kojima se poseže u ustavna prava građana na privatnost, može se reći da postoji i četvrta razina nadzora - sudska.
Na stručnoj razini nadzor provodi Ured Vijeća za nacionalnu sigurnost, na parlamentarnoj razini nadzor provodi Hrvatski sabor neposredno ili posredstvom saborskog Odbora za unutarnju politiku i nacionalnu sigurnost i na razini građanskog ili civilnog nadzora Vijeće za građanski nadzor sigurnosno-obavještajnih agencija.
Za članove Vijeća za građanski nadzor sigurnosno-obavještajnih agencija (6 članova i predsjednik) mogu biti imenovani hrvatski državljani visoke stručne spreme, pri čemu najmanje po jedan član Vijeća moraju biti diplomirani pravnik, diplomirani politolog i dipl.ing. elektrotehnike.
Pored navedenog nadzora rada i unutar SOA-e postoji posebna ustrojstvena jedinica zadužena za nadzor rada djelatnika SOA-e koja usko surađuje s vanjskim tijelima parlamentarnog stručnog i građanskog nadzora rada.
Cilj unutarnjeg nadzora jest preventivno sprječavanje aktivnosti djelatnika koje bi se mogle okarakterizirati protuzakonitim i eliminiranje rizika od potencijalne zloporabe ovlasti odnosno zloporabe prikupljenih podataka ili materijalnih sredstava u privatne svrhe.
Unutarnji nadzor, osim preventivno, također obavlja izvide nakon pojavljivanja sumnje ili zaprimanja obavijesti da je pojedini djelatnik SOA-e postupio protivno pozitivnim propisima.