Tijekom 90-ih godina prošlog stoljeća središnje tijelo za obavljanje poslova nacionalne sigurnosti bio je Ured za zaštitu ustavnog poretka (UZUP) koji je osnovan odlukom Predsjednika Republike 27. svibnja 1991. godine. UZUP je prestao s radom 21. ožujka 1993. godine kada se odlukom Predsjednika Republike osniva Ured za nacionalnu sigurnost (UNS). UNS je u zakonski okvir stavljen donošenjem Zakona o Uredu za nacionalnu sigurnost 17. svibnja 1995. godine.
Ciljeve i zadaće obavještajne zajednice određivao je Stožerni odbor nacionalne sigurnosti (SONS) i Koordinacijski odbor obavještajne zajednice (KOOZ). Zadaća SONS-a bila je usmjeravanje i usklađivanje rada državnih ministarstava u obavljanju poslova nacionalne sigurnosti, dok je KOOZ bio odgovoran za provedbu zadaća dobivenih od SONS-a.
Predsjednik RH davao je smjernice za rad UNS-u i obavještajnoj zajednici RH. Predstojnik UNS-a i državni ministri određivali su zadaće službama za koje su bili odgovorni. Godišnji plan rada obavještajne zajednice pripremao je KOOZ, a sastojao se od projekata i operativnih akcija u čijoj izvedbi moraju sudjelovati dvije ili više službi. SONS je odobravao godišnji plan rada obavještajne zajednice te nadzirao njegovu izvedbu.
Osim gore spomenutog UNS-a te službi, širi krug sigurnosnog sustava činile su i kriminalistička policija, vojna policija, carinska služba, financijska policija, čiji su se predstavnici mogli pozvati na sjednice KOOZ-a.
Radi ostvarivanja suradnje Predsjednika Republike i Vlade Republike Hrvatske u usmjeravanju rada sigurnosno-obavještajnih službi, osnovano je Vijeće za nacionalnu sigurnost, a radi operativnog usklađivanja rada sigurnosno-obavještajnih službi, Savjet za koordinaciju sigurnosno-obavještajnih službi.
Ured Vijeća za nacionalnu sigurnost osnovan je radi obavljanja stručnih i administrativnih poslova za Vijeće za nacionalnu sigurnost i Savjet za koordinaciju sigurnosno-obavještajnih službi.
Sigurnosno-obavještajni sustav u Republici Hrvatskoj reformiran je sredinom 2006. godine donošenjem Zakona o sigurnosno-obavještajnom sustavu. Tim zakonom ustrojene su dvije sigurnosno-obavještajne službe: Sigurnosno-obavještajna agencija (SOA) te Vojna sigurnosno-obavještajna agencija (VSOA).