Na čelu SOA-e je ravnatelj kojeg supotpisom imenuju Predsjednik RH i predsjednik Vlade RH.

Rad SOA-e vodi se i usmjerava iz središnjice u Zagrebu. Kako bi kvalitetno ispunjavala svoje zakonske obveze, SOA pokriva teritorij RH radom 10 regionalnih centara.

Rad u središnjici odvija se u ustrojstvenim jedinicama zaduženim za:

• prikupljanje podataka (operativa)

• obradu i analizu podataka i dokumentaciju (analitika),

• posebne tehnologije, informatiku i komunikacije (tehnika),

• protuobavještajnu zaštitu i nadzor (unutarnji nadzor) i

• ljudske potencijale, pravne i materijalno-financijske poslove.

Shema ustroja SOA-e

U suvremenom svijetu u kojem države dijele zajedničke sigurnosne izazove, nužna je međunarodna suradnja, stoga Agencija u inozemstvu ima akreditirane časnike za vezu s partnerskim službama.